长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度超过200nt的RNA分子,它们不编码蛋白,能够和DNA、RNA及蛋白质结合,以 RNA 的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。

技术路线

技术参数

样品要求 测序策略 项目周期
样品类型:RNA
样品总量:≥5ug
样品浓度:50ng/ul

测序平台:HiSeq PE100
测序文库:小片段链特异性RNA文库
推荐数据量:10Gb clean reads
北京源宜基因科技股份有限公司 高深度:20Gb clean reads

60个工作日
(标准分析)

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海绵中LncRNA表达的动态性和广泛性分析

LncRNA是两侧对称动物中重要的发育调控因子,它在基因表达的转录调控、转录后调控以及DNA修饰中均有作用。研究人员以大堡礁海绵4个发育阶段(P、C、J、A)的组织为材料,利用LncRNA测序技术对LncRNA变化与脊椎动物演化形态的复杂性关系进行分析。数据分析结果显示,保守预测有2935 lncRNAs;lncRNA表达谱与一系列涉及发育和生理过程的保守蛋白编码基因的联系很紧密,比如Wnt信号通路;在不考虑动物形态复杂性的情况下,lncRNA对动物发育进程的调控作用是一致的。

图1 海绵发育过程中的LncRNA表达谱分析

参考文献

Gaiti F, Fernandez-Valverde S L, Nakanishi N, et al。 Dynamic and widespread lncRNA expression in a sponge and the origin of animal complexity[J]。 Molecular biology and evolution,2015, 32(9): 2367-2382。