宏基因组测序是对特定生境样品中的微生物群体基因组进行序列测定,获得环境微生物基因信息总和,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组测序摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,直接提取环境样本 DNA 进行测序,具有通量高、速度快、信息全等特点,在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势。宏基因组的技术优势在探求微生物与人类健康的关系中愈发广泛和重要。

技术流程

北京源宜基因科技股份有限公司 基因组DNA提取 → 样品质检 → 基因组DNA片段化 → 文库构建 → 上机测序 → 原始数据 → 生物信息分析

技术参数

样品要求 文库类型 测序策略 推荐数据量 项目周期
样品类型:DNA
样品总量:≥10ug
样品浓度:≥50ng/ul
 
300bp小片段文库
 
HiSeq PE150
5G/10G Raw data 30个工作日
视项目具体情况而定

 

生信分析内容

标准分析内容
  • 原始测序Reads质量基本统计
  • 原始数据质量评估
   a)原始序列质量值检查
b)碱基含量(A/T/G/C)分布检查
c)测序数据过滤
  • 宏基因组拼接与组装
  • 基因预测和丰度分析
  • 物种注释
  • 功能注释
a)功能相对丰度柱状图分析
b)功能聚类分析和PCA分析
c)样品聚类分析
d)功能差异性分析
e)物种进化分析
f)代谢通路分析
高级或者个性化分析 请老师与分析人员沟通与协商。

 

相关案例

婴儿肠道微生物宏基因组分析

北京源宜基因科技股份有限公司 研究人员采用宏基因组测序技术对98个瑞典产妇及一岁以内婴儿的粪便微生物进行分析。研究表明,非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人;剖腹产婴儿的肠道菌群(含有许多口腔和皮肤菌)与顺产婴儿(与母亲共享更多的肠道菌)截然不同;正常婴儿的微生物组会随着饮食改变而逐步成熟。

图1. 不同生产方式和不同年龄阶段肠道菌群的差异分析

参考文献:

Bäckhed F, Roswall J, Peng Y, et al. Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life[J]. Cell host & microbe, 2015, 17(5): 690-703.