新一代高通量技术大大降低了基因组测序的成本,缩短了研究周期。根据参考基因组的有无以及生信分析策略不同,真菌基因组测序分为真菌de novo和真菌重测序。真菌de novo 基于组装精细程度,分为真菌框架图和真菌精细图。

技术路线

北京源宜基因科技股份有限公司 基因组DNA → 文库构建与质检 → 文库定量上机测序 → 原始数据质控过滤 → 高质量数据

技术参数

样品要求 服务类型 文库类型 测序策略 指标 项目周期
DNA总量≥5ug
DNA总量≥30ug
DNA总量≥5ug
真菌框架图 500bp小片段文库 HiSeq PE150   ≥100X 50个工作日
真菌精细图 小片段文库与大片段文库结合 HiSeq PE150 ≥200X
Scaffold N50≥300K
60个工作日
真菌重测序 500bp小片段文库 HiSeq PE100  ≥100X 40个工作日

生信分析内容

基本数据处理> 基因注释> 比较基因组分析>
  • 测序数据的预处理及质量评估:
包括去接头,过滤低质量序列,去除污染序列等。
  • 基因组序列拼接组装:
   Clean reads拼装,拼装效果评估(Congtig N50、  
Scaffold N50、基因组覆盖度及GC%)等。
  • 基因预测
  • 基因注释
  • ncRNA注释
  • GO分类
  • KEGG通路分析等
  • 共线性比较
  • 同源基因分析
  • 基因进化分析
  • SNP/InDel/CNV等检测
 
高级或者个性化分析    请老师与分析人员沟通与协商。

相关案例:重测序解析裂殖酵母遗传进化史

裂殖酵母是真核生物研究中的重要模式生物,但对其进化历史缺乏系统的研究。研究人员汇集了100年内收集到的161株野生裂殖酵母,通过构建小片段文库,基于PE54/PE100测序策略对它们进行了重测序。研究结果:PCA分析表明裂殖酵母的变异基因型和采样的地理位置不存在强相关性;基于SNP的进化分析以及结合采样的时间,推测出酵母菌驯化起源时间大致和希腊文明、汉文明等古文明时期相吻合;全基因组关联分析发现89个性状与具体的变异信息存在显著关联。文章提示我们:大规模真菌样本的重测序和进化研究,是了解真菌进化史、传播规律,解析真菌的致病机制,分析真菌基因型与表型间关联的有效手段。

图1 真菌进化模型(a)、采样时间与进化距离的关系(b)及可能的起源时间(c)

图2 性状关联位点显著性指标(上、中)及其在染色体上的分布(下)

参考文献:

Jeffares D C, Rallis C, Rieux A, et al。 The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe[J]。 Nature genetics, 2015, 47(3): 235-241。